Para el ejercicio de sus atribuciones y el despacho de los asuntos que le competen, el Órgano de Fiscalización contará con la siguiente estructura orgánica y se les denominará unidades administrativas, de conformidad con el reglamento interior del Órgano de Fiscalización Superior del Congreso del Estado de Tlaxcala.

Auditor Superior

a) Coordinación de Apoyo Técnico

Auditor Especial de Cumplimiento

a) Departamento de Instrucción de Procedimientos

b) Secretario de Acuerdos

c) Proyectista

d) Diligenciario

Dirección de Asuntos Jurídicos

a) Departamento de lo Contencioso

b) Departamento de investigación e integración de Asuntos Penales

Dirección Administrativa

a) Departamento de Recursos Humanos

b) Departamento de Recursos Financieros y Materiales

Dirección de Planeación y Desarrollo Interinstitucional

a) Departamento de Planeación, Programación y Seguimiento de Programas

b) Departamento de Capacitación, Evaluación, Comunicación y Transparencia

Dirección de Auditoria Municipal

1. Subdirección de Auditoría de Cumplimiento Financiero

a) Departamento de auditoría a Programas Estatales

b) Departamento de auditoría a Fondos Federales y Federalizados

2. Subdirección de Auditoría de Obra Pública

a) Departamento de auditoría de Obra Pública Municipal

3. Subdirección de Auditoría al Desempeño

a) Departamento de Auditoría al Desempeño en la Gestión Municipal

Dirección de Auditoría de Poderes del Estado y Organismos Autónomos

1. Subdirección de Auditoría de Cumplimiento Financiero

a) Departamento de auditoría a Programas Estatales

b) Departamento de auditoría a Fondos Federales y Federalizados

2. Subdirección de Auditoría de Obra Pública

a) Departamento de auditoría de Obra Pública Estatal

3. Subdirección de Auditoría al Desempeño

a) Departamento de Auditoría al Desempeño en la Gestión Estatal